python实现批量nii文件转换为png图像


						之前介绍过单个nii文件转换成png图像：

http://www.zwyuanma.com/article/165693.htm

这里介绍将多个nii文件（保存在一个文件夹下）转换成png图像。且图像单个文件夹的名称与nii名字相同。





import numpy as np

import os    #遍历文件夹

import nibabel as nib #nii格式一般都会用到这个包

import imageio   #转换成图像

 

def nii_to_image(niifile):

 filenames = os.listdir(filepath) #读取nii文件夹

 slice_trans = []

 

 for f in filenames:

  #开始读取nii文件

  img_path = os.path.join(filepath, f)

  img = nib.load(img_path)    #读取nii

  img_fdata = img.get_fdata()

  fname = f.replace('.nii','')   #去掉nii的后缀名

  img_f_path = os.path.join(imgfile, fname)

  #创建nii对应的图像的文件夹

  if not os.path.exists(img_f_path):

   os.mkdir(img_f_path)    #新建文件夹

 

  #开始转换为图像

  (x,y,z) = img.shape

  for i in range(z):      #z是图像的序列

   silce = img_fdata[i, :, :]   #选择哪个方向的切片都可以

   imageio.imwrite(os.path.join(img_f_path,'{}.png'.format(i)), silce)

            #保存图像

 

if __name__ == '__main__':

 filepath = 'nii的文件夹'

 imgfile = 'image的文件夹'

 nii_to_image(filepath)





代码是我自己写的，用于处理ADNI的nii格式完全有效。

以上就是本文的全部内容，希望对大家的学习有所帮助，也希望大家多多支持中文源码网。